Opino lo mismo. Por lo que dices todo indica a suciedad acumulada, el problema es que por mucho que la limpies siempre quedan restos que se los va a llevar la gasolina y se acumularán en manguitos, carburador valvulas etc etc... Tras los mantenimientos que ya le has dado, posiblemente lo mejor seria hacer una rutilla mas o menos larga para que los residuos que queden se vayan ablandando y con suerte desapareciendo.

A mi me pasa también en la mia, aqui en galicia cuando hace mal tiempo no cojes la moto ni de broma y hay muchisima humedad, este invierno la moto se ha pasadocomo 5 meses parada, cuando la fui a cojer aquello no andaba ni empujando, hasta que no empecé a rodar con ella un poco...
Sobre todo por las mañanas con el frio, yo no me preocuparia en exceso, ya que ya le has hecho las limpiezas necesarias.
Rodar es la solución seguramente.